微生物菌肥是一种活性肥料，主要依靠微生物在土壤中的繁殖，从而改变土壤结构，调整根系菌群，使之形成有利于微生物生长的新环境。微生物肥效的发挥，不仅需要微生物自身的活性，而且与外界气候条件有着密切的关系。
微生物菌肥本身的条件是指活菌的数量和强度，当数量和强度适当时，微生物菌肥可以起到正常的作用，外部条件包括温度、土壤湿度、土壤养分、光照强度和土壤酸碱度等，只有在适宜的外部条件下，微生物菌肥才能发挥正常的作用，菌种大量繁殖，新陈代谢产生有利于植物生长的元素，从而提高土壤肥力。
生物肥料具有许多优点，具体表现在以下几个方面：
1.能释放出调节植物生长的植物荷尔蒙。
在气候、土壤条件适宜的情况下，微生物肥料进入土壤后，可产生生理活性物质：植物生长激素吲哚乙酸、赤霉素和多种维生素等，可促进细胞形成层的分裂，促进植物生长，提前开花，改善品质。有些菌株还分泌一些刺激维生素类物质，以促进作物生长。
2.提高作物光合作用和叶片千粒重；
环境条件对微生物肥料菌种的生长、代谢都会产生严重影响。试验结果表明：施用低磷、中低氮肥料均能促进黑豆的生长和籽粒的形成，是理想的菌肥。与对照组比较，施用生物菌肥对黄瓜的株高、叶数、茎粗和产量均有明显提高，分别提高17.9%、21.1%、10.2%和24.8%。施微生物肥作底肥，可以提高小麦的有效穗数和千粒重，从而提高小麦的产量。
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